2023年8月23日，重点实验室主任焦新安教授团队在《Applied and Environmental Microbiology》杂志在线发表了题为“Poultry production as the main reservoir of ciprofloxacin- and tigecycline-resistant extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Salmonella enterica serovar Kentucky ST198.2-2 causing human infections in China”（DOI: 10.1128/aem.00944-23）。该研究从基因组学角度揭示了泛耐药（XDR）ST198肯塔基沙门菌在我国出现和流行特征。

肯塔基沙门菌是引起人类非伤寒沙门菌病的常见血清型，通常与食用受污染的禽肉制品有关。多位点序列分型（MLST）显示肯塔基沙门菌存在三种主要ST型，分别是ST198、ST152和ST314。近年来，在欧洲和亚洲的人和家禽中频繁检测到对头孢噻肟和环丙沙星高水平耐药的多重耐药（MDR）ST198肯塔基沙门菌。为了深入了解我国肯塔基沙门菌的基因组流行特征，本研究对2019年至2022年期间从我国8个省级地区收集的70株ST198肯塔基型沙门菌分离株，以及数据库中2013年至2019年我国报告的38株分离株的耐药基因、毒力基因、原噬菌体、CRISPR和cgSNPs进行了详细分析。

研究首先采集了我国9个省份和2个直辖市的鸡源样品，共分离出309株沙门菌。血清型分析结果显示，肯塔基型沙门菌已成为鸡源样品中最常见的沙门菌血清型，占分离株的21%（65/309）。全基因组测序和比较基因组学分析表明，在2019年之前，MDR-ST198.2-1肯塔基沙门菌亚型在中国不同省份的鸡和人类中流行。ST198.2-1菌株染色体上携带沙门菌基因组岛1（SGI1-K）和gyrA双突变表现出对链霉素、替加环素、复方新诺明和环丙沙星的耐药性。然而，2019年以来，ST198.2-2肯塔基沙门菌亚型在鸡中的流行率迅速上升，并取代ST198.2-1亚型成为我国目前最流行的肯塔基沙门菌亚型。此外，ST198.2-2亚型的肯塔基沙门菌在我国引起了多例人沙门菌病。与ST198.2-1相比，ST198.2-2肯塔基沙门菌获得了一个大约92.9kb的多重耐药岛（MRR），赋予细菌对头孢噻肟、阿米卡星、氯霉素、氟苯尼考和磷霉素等多种药物的抗性，使ST198.2-2肯塔基沙门菌表现出XDR特征。该研究揭示了我国肯塔基沙门菌流行传播规律、多重耐药性和基因组学变化特征，为XDR肯塔基沙门菌的防控和治疗提供了理论支撑。

该论文第一署名单位为扬州大学，焦新安教授、王晶讲师和李求春教授为文章通讯作者，博士研究生王振宇和蒋悦为共同第一作者，南通市疾病预防控制中心许海燕副主任参与了部分研究工作。该研究工作得到国家重点研发计划和国家自然科学基金项目的资助。